在的最初几个月或一两年当中没有发生但是以后数月或者是一两年以后或几年以后发生的，这些往往是潜在着器质变。在青少年引起顽固性或者是继发性痛经最常见的器质性病变，主要是生殖道的畸形，还有就是。这些病变如果没有及时治疗，恐引起。

生殖道畸形主要是由于经血储流在生殖道法流出体外，所以导致经期，比较常见的比如说、宫颈发育不良或者是宫颈闭锁或者是，或者是长角子宫，这些都会导致经血在生殖道储流或宫腔储流甚至经血倒流到腹腔里面，继发性地在腹腔里面形成子宫内膜异位症的病灶。

另外一种是不存在生殖道畸形，只是异位，子宫内膜异位症而导致的痛经，在青少年很多时候是在原发性顽固性的原发性痛经持续存在以后，有相当一部分会转变为子宫内膜异位症，那么子宫内膜异位症主要表现为出现子宫内膜异位，又称之为的巧克力囊肿或者是，在异位的内膜出现在子宫肌层当中，还有这个病灶出现在腹膜的其它部位，子宫内膜异位症也是导致成年以后影响生育功能的一种非常严重的疾病。生殖道畸形就更是威胁这个青少年的健康，这时候就必要采取手术治疗的方式。