由于生殖系统的局部病变和全身性疾病引起的，称为病理性。引起病理性的原因很多，可分为以下几个方面：

（1）精神因素。精神上的、恐惧、紧张等。

（2）。（3）全身性疾病。如严重、结核、肾脏病、等。

（4）子宫本身疾病。如、、创伤、过深、等。

（5）疾病。如先天性缺如或发育不良或手术切除、恶性肿瘤等。

（6）内分泌腺疾病。如垂体、甲状腺、肾上腺等的病变。

另外尚需注意，有些闭经属于假性闭经，即有周期的变化，但因先天性畸形或后天的损伤使经血不能外流，而引起的这类闭经。这些病人往往有下腹周期性，并且逐月加重，与上述真性闭经不同。